Öncelikle saldırının direkt olarak hangi bağlantı üzerinden yapıldığını öğrenmeye çalışın. Ne tür bir saldırı? Cloudflare bir yere kadar işe yarar sonrasında engelleyemeyebilir.
Çok bilgili değilim ancak ilk olarak çözmeniz gereken konu örneğin veritabanı sorgularının çok olduğu bir sayfaya mı saldırılıyor?
Error loglarda belki zaman aşımına sebep olan işlemler gözükebilir, log dosyalarını da inceleyebilirsiniz.
IP adresi ile erişim sağlayabildiğinizi söylemişsiniz, yani sunucuya erişim halen mümkün. Öncelikle saldırı çeşidini ve hangi adrese yapıldığını anlamak iyi bir başlangıç olur gibi.