Hocam tek bir post işlemi ile 100-200 siteyi ftp'den ve mysql'dan güncellemek, sunucunuzun cpu'sunu anlık olarak tüketir. Siz, kodda bir hata yok diyorsunuz ama bu bir hata olmasa da etik bir kod yazımı değil. Size tavsiyem, bu siteleri ve değiştirdiğiniz bilgileri aynı anda değil de 40-50şerli gruplar halinde yapmanız. Bunun için de veritabanınızda bu site bilgilerini tutabilirsiniz. Bir kontrol sütununuz olur. Cron ile kodu tetikler ve 50şerli şekilde işlersiniz. Sonra kontrol sütununuzu 1 yapar 0 olanları devam ettirirsiniz.
Yani benim görüşüm, sunucunuzun herhangi bir timeout süresi olmadığı için gönderdiğiniz kodu derlemeye çalışıyor ve bu işlem uzun sürdüğü için, cpu bitiyor.