mysql de index oluşturabilirsiniz.
bunun yanı sıra
php de query den önce $start = microtime(true);
query satırının hemen sonrasınada echo microtime(true)-$start; ekleyerek query nin php de çalışma hızıyla phpymyadmin den direkt sorgu yazdığınızdaki çalışma hızını karşılaştırmanızda fayda var
eğer çok fark var ise başka bir şeylere bakmak gerekebilir.