NodeJS scripti çalıştırırken nasıl bir yol izlediniz bilmiyorum ama sizin NodeJS https değil http server ile uygulamayı çalıştırmanız yeterli ve en doğru yöntem olacaktır. Çünkü Plesk zaten NodeJS'in çalıştığı port'u reverse proxy yaparak sunuyor. Yani siz sunucu içi iletişimi şifrelemiş olacaksınız bahsettiğiniz yöntemle. Ama illa dediğiniz yöntemi yapmak isterseniz Linux ortamında sertifikalar '/etc/ssl/certs' , private keyler '/etc/ssl/private' kısmında bulunuyor. Ama Plesk bu yolu kullanmıyor olabilir.