Rel canon ve Hreflang çok farklı şeyler.

2 farklı kullanımları var.

1- Siteniz 2 dil ise:

TR sayfasında canon kendi sayfasına hreflang ise EN sayfasına verilir.

2- Siteniz tek dilli ise:

Canon yine kendine verilir hreflang kullanılmaz.

Ek olarak canonu farklı sayfaya verebilirsiniz (her 2 durumda da)

Sorunuza gelecek olursak subdomain uzantı için rel canon verebilirsiniz ama normalde tam tersi olması gerekiyor, subdomainler ana domaini güçlendirmesi için açılır yani siz subdomainden ana domaine canon verirseniz çok daha iyi olur.

Daha detaylı bilgi için rel kullanımını buradan öğrenebilirsiniz: https://developers.google.com/search...duplicate-urls