Kullandığınız sistem nedir bilmiyorum ama kargoların şöyle bir yapısı olması lazım. Belirl bir desiye kadar fiyat verip Desi / Ağırlık oranı değiştiği zaman ağırlığa göre bir hesaplamaya giderler. Opencart gibi sistemlerde ağırlık ortantılı kargolama mantığı vardı, işe yarıyordu. Böyle bir şey var ise sisteminizde onu uygulamaya çalışın. Yok ise kargo alıcıya ait diyebilir ve ödeme alır iken kargo bedelini isterseniz tahsil etmeyebilirsiniz.