localimde test ettim ve hatanın / slash işaretinde olduğunu gördüm. '-' tire yapınca çalışıyor. datetimepicker in format diye bir parametresi olması lazım init kodunda ordan değiştirebilirsiniz.
ya da posttan alırken str_replace ile / -> - olarark çevirirseniz çözülecektir.

$get_ba_tarih = str_replace('/','-',$_POST['ba_tarih']);
$get_bi_tarih = str_replace('/','-',$_POST['bi_tarih']);
$ba_tarihs = date("Y-d-m", strtotime($get_ba_tarih  )).' 00:00:01';
$bi_tarihs = date("Y-d-m", strtotime($get_bi_tarih  )).' 23:59:59';