Evet mümkün. Mevcut konfigürasyona ek bir dosyayı include ederek herhangi bir custom.conf dosyasını çağırabilir ve yönlendirme işlemlerinize o dosyadan devam edebilirsiniz.

1- YEDEK ALIN

2- vhost konfigürasyon dosyanızdaki server bloku (hangi portu kullanıyorsanız) içine ekleyin:
include /etc/nginx/yonlendirmeler.conf;
Kaydedin ve kapatın. Bu arada sizin Nginx kurulumu farklıysa, /etc/ kısmını ona göre değişirsiniz.

Şimdi yonlendirmeler.conf dosyanıza dilediğiniz gibi ekleme çıkarma yapabilirsiniz ancak her yeni ekleme/çıkarmada Nginx sunucuya restart atmanız gerekecek.