İstediğinizi doğru anladıysam şu kısımda if'i kaldırıp src yerine linki vereceksiniz.
{% if site['logo'] %}
<img src="{{ site['logo'] }}" alt="{{ site['name'] }}" class="logo-lg" title="{{ site['name'] }}">
{% else %} <img src="LİNK" alt="{{ site['name'] }}" class="logo-lg" title="{{ site['name'] }}">