PHP bilmiyorum ama C# yapsaydım, dizileri iç içe for döngüsüne alırdım.

İlk diziyi dizide eleman sayısı kadar for döngüsüne alıp, bu döngü içerisinde 2.dizi için bir for döngüsü daha kurup var mı yok mu sorgusuyla olanları ve olmayanları bulabilirsiniz. İşlem tamamlandığında da olanlardan her birinden 1 tane ve eşleşmeyenler olarak yeni dizi oluşturabilirsiniz.