Hocam konuda detaylıca yazdığımı düşünüyorum, sıfır kurulum üzerine uploads harici aktarılan hiç bir şey yok. Veri tabanı ve site dosyaları tertemiz durumda.
Bir resim şeklinde gizlenmiş olabilir. js , php dosyalarını uploads klasöründen silin yine devam ediyorsa resim şeklinde gizlenmiştir. Onu tespit etmeniz gerek.