İndex aldığı halde Search'e düşmeyen bağlantılar olduğu gibi index almadığı halde search'e düşen bağlantılarda mevcut.
Benim görüşüm index alıp almamasından ziyade direkt olarak Search Console'da gözükmesi.

İkisi de değil Google tarafından görülmüş olması yeterli.
Örneğin bir bağlantı indexlenmemiş, searche düşmemiş olabilir.

cache:https://siteadi.com şeklinde arama yaparak google önbelleğe almış mı öğrenebilirsiniz.
Bu yeterlidir gerisinde sizin yapabileceğiniz bir şeyde yok zaten