Tam emin olmamakla birlikte
RewriteRule kurallarından önce "RewriteBase /" şeklinde yönlendirmenin etkili olacağı klasörü yazabilirmisiniz. Site public_html dizininde açılıyorsa sadece "/" olarak yazmanız yeterli, örnek "test" klasöründe çalışıyorsa "RewriteBase /test" yazabilirsiniz.

RewriteBase /
RewriteRule ...
RewriteRule ...
RewriteRule ...

gibi..

Belki işe yarayabilir.