Bunun için session kullanabilirsin örnek vereyim:

<?php
// session başlat
session_start();

$tema = $_SESSION["tema"];

// tema dark ise
if($tema=="dark") {
$css = "css/dark-theme.css";
// dark değil ise
} else {
$css = "css/theme.css";
}

// head kısmına css ekleyelim
echo '<link rel="stylesheet" href="'.$css.'"> ';
?>

Tabi bunu javascript ile yapsan daha mantıklı olur. localStorage kullanabilirsin ben genelde onu kullanıyorum daha mantıklı bir şey var ise diğer arkadaşlar belirtsin bende yararlanmak isterim.

localStorage örneği veriyim:

// tema bilgisini alalım
var tema = localStorage.getItem("tema");

// tema dark ise tüm class alanlarına "dark" ekle
if(tema=="dark") {
document.documentElement.classList.add("dark");
}