Çok teşekkürler hocam. Sorun rewrite'ta değilmiş aslında... Sorun sadece site içi aramada oluyordu ve ben de bunun üzerine düştüm biraz. Akabinde de buldum.

Arama yaparken gönderiyi "...example.com/page/search/?search=QUERY" ile ileteceğime "...example.com/page/search/&search=QUERY" ile iletiyormuşum. Bu yüzden hata alıyormuşum. Esasında bu sorgu yalın Apache'de çalışıyordu fakat NGINX bunu okumadı. Nedeni bilmiyorum fakat merak ediyorum. Her neyse, tamamen bir işaret hatası anlaşılan.