Aşağıdaki gibi yazdım ve çalıştı, fazlalık yada bunu şöyle de yapabilirdin dediğiniz kısımlar varmıdır.

$fark14=array_diff($verixml,$xmlgtin);
foreach($fark14 as $fark)
{
$farkbul = $mysqli->prepare("SELECT ID, name, zoom, dukkan_stok FROM urun WHERE gtin=$fark");
$farkbul->execute();
$farkbulResult = $farkbul->get_result();
while($farkbulRow = $farkbulResult->fetch_array()) {
if($farkbulRow['dukkan_stok'] == 1){
// echo '<br>'.$farkbul['name'].'güncellemede yok ama dükkan stok var';
}else{
$mysqli->query("UPDATE urun SET stok=0 WHERE gtin=$fark");
// echo '<br>'.$farkbul['name'].'güncelleme ve dükkan stok yok';}
}
}