veriyi gtin değerine göre çekiyorsunuz ama gtin alanını dahil etmemişsiniz. Aşağıdaki gibi deneyin.
// buradaki amaç farkdan gelen gtin değerine göre ID yi almak
$ID = $mysqli->query("SELECT ID, dukkan_stok,gtin FROM urun WHERE gtin=$fark")->fetch_object()->ID;
echo $ID;
//buradaki amaç farkdan gelen gtin değerine göre dükkanda stok olup olmadığına bakmak
$stok = $mysqli->query("SELECT ID, dukkan_stok,gtin FROM urun WHERE gtin=$fark")->fetch_object()->dukkan_stok;