Tek seferlik yapacaksınız , cpanel v.b üzerinden "public_html" kısmındaki herşeyi zipleyip indirmenizi tavsiye ediyorum.
Bazı yedekleme eklentileri .htaccess veya ek olarak eklediğiniz php dosyalarını yedeklemiyor.

Veritabanı içinde phpmyadminden elle çıktı alın.