select (select id from tablo1 where url='$url') as urlid_1, (select id from tablo2 where url='$url') as urlid_2

gibi tek bir sorgu ile her iki tabloda da tek bir sorgu ile arama yapabilirsin.
urlid_1 ve urlid_2 olarak iki sütün çıktısı verir bulduysa id yazan bulamadıysa null olarak döner

daha sonra da dönen id ye göre normal sorgunu yapabilirsin