Bu belirttiğim işlemleri php kullarak yapmak yerine bash script yazarak direkt mysql e insert yapabilirsiniz.

Örneğin 1000 er adet insert yapacaksınız.
Multiple insert komutunu direkt mysql e gönderebilirsiniz.

Dahada hızlanacaktır.

Veya 1000 er adet sql dosyası oluşturan mysql dump import eden bash scripti vb.

Yöntemler çok sadece sizin için en iyisi nedir siz tercih etmelisiniz.

Stackoverflow da bir çok çözüm bulunmakta.