Merhaba
İzniniz olursa Uzun yıllardır MySql kullanan biri olarak bazı öneriler sunmak isterim.

1. Select * yerine gerekli alanları sorguya dahil edin
2. in operatörleri sorguyu yavaşlatır buna dikkat edelim
3. sorgularınızda Join kullanıyorsanız eşleşmeyi yaparken iki tablonun index alanrına dikkat edin
4. where satırındaki alanların index de olması sorgunuzu hızlandıracaktır.
5. Gereksiz Order by yapmayın index de ki alanlara göre sıralayın.

Mysql in yapılandırma dosyasında (my.ini veya my.cnf) bazı değişiklikler yaparak Mysql in hızlı çalışmasını sağlayabilirsiniz.

join_buffer_size = 32M
sort_buffer_size = 32M
read_buffer_size = 32M
max_allowed_packet=1024M

INNODB kullanıyorsanız temp dosyası fazla büyüdüğünden Mysql yavaşlıyabiliyor.

my.ini dosyasında aşağıdaki bölüme
#*** INNODB Temp File ***
innodb_temp_data_file_path=ibtmp2:12M:autoextend:m ax:15G (Restart gerektirir)

Umarım yardımı olur.