site:domain.com veya site:domain.com/* diye aratıldığında bazı URL'lerin gözükmemesi (ancak direkt o URL'ler aratıldığında çıkması) normal, ben de sık sık karşılaşıyorum bu durumla, endişelenecek bir durum yok, google'ın saçmalıklarından biri bu.

Sadece içeriklerin bulunduğu sayfaların indexlenmesi gerekiyor, gizlilik, iletişim gibi sayfaları ve etiket tarzı "aynı içerikleri defalarca kez tekrarlayan" sayfaları mutlaka "noindex" olarak işaretleyin, indexlenen sayfaların mutlaka ziyaretçilere değer sunan sayfalar olması şart. Google spamı kökünden alt etmek için siteleri eskisi kadar kolay indexlemiyor.

Bu arada google'ın sitenizdeki tüm sayfalara ana sayfadan başlayarak ulaşabildiğinden emin olun (maalesef site haritası çözüm değil), örneğin tüm sayfalarda görünen menü/sidebar'da kategori sayfalarınız olsun, kategori sayfalarının pagination'ı (örn, "domain.com/ornek-kategori/page/2" ve diğer alt sayfalara giden linkler) da olsun, ve pagination'lara "noindex" eklemeyin. Kullanıcılar da ana sayfanızdan tüm sayfalarınıza ulaşabilsin (max. 3-5 tıklama ile).

Ayrıca siteniz wp ise google index api kurun, ve kalıcı olarak indexletmek istediğiniz önemli URL'lerinizi bir .txt dosyasına kaydederek bu URL'leri 2 hafta boyunca her 2 günde bir google index api'a yollayın.