Misal ben sitede mevcut olmayan eklentilere dair veritabanında mevcut olan kalıntıları siliyorum ve hiç bir hata ile karşılaşmıyorum.
Ama tecrübelerim olduğu için bir çok eklentiye dair temizlik işlemlerini ezbere yapabiliyorum. Sizin durum farklı biraz.

Bazı sitelerde elementor gibi sayfa yapıcılara dair bazı kalıntılar olduğunda biraz dikkat etmek gerekebiliyor. Çünkü elementor ayrıca bir cache dosyası barındırır mesela ve bazı içerikler hatalı çıkabilir sonrasında.
Bunun gibi riskler olduğu için daima her seferinde ayrı bir yedek alırsanız içiniz rahat eder.

En başında yedek varsa çekinmeyin dediğim husus bu zaten. Elinizde ilk olarak sağlam bir yedek bulunsun.

Misal smush kalıntılarını sildiniz, o şekilde bir yedek oluşturursunuz not alarak. Bu şekilde siteyi izlersiniz bir süre, fikir edinmiş olursunuz.
Hata çıkmadığı sürece diğer eklentilere dair kalıntıları da aşama aşama silersiniz ve işlemler nihayete erer.

Bunu bu şekilde izah etmemin nedeni; sizin tecrübe edinmeniz içindir.
Çünkü ileride başka eklentiler yükleyecek, deneyeceksiniz ve işe yaramıyor ise kaldıracaksınız. Ve sonraki işlem yine veritabanı temizliği olacaktır.

Biraz uzun oldu affola