Merhaba,

Herhangi bir eklenti kullanmadan -tamamen manuel bir şekilde- database konusunda bahsettiğiniz işlemleri yapabilirim yani bütün o kalıntıları ve fazlalıkları temizleyebilirim.

PHP konusunda WordPress'in eklenti ve temalarına elbet bir şeyler yapılır ama çekirdek dosyalarına o kadar işlem yapmak riskli olabilir. Onun dışında root yetkiniz varsa disable_functions üzerinden gerekli önemleri alabilirsiniz.