ayar olarak dbde zaten tutmanız lazım ki panelden seçersem demişsiniz. mesela biri ali biri verli olsun. seçtiniz kaydettiniz.

komple proje dizininde bir dosyada örn. index.php de bu datayı çekip kontrol edin if(ali) => include 'scripts/ali/index.php'; else if(veli) => include 'scripts/veli/index.php';
root dizinde scripts (ya da ne isterseniz) diye bi dizin açar içine klasör olarak atarsınız ikisinide. böyle olur.
tabi işin routing tarafı sizde. root dizindeki indexe geleceği için istekler onu ayarlarsınız.