PHP,CSS,HTML,JS öğrendikten sonra yapmak istedikleriniz özelleştirmeler ile ilgili başlayacağınız yer Wordpress Codex:
https://codex.wordpress.org/Main_Page

Özel tema geliştirmek için başlangıç:
https://codex.wordpress.org/Theme_Development

Özel plugin yazmak için başlangıç:
https://developer.wordpress.org/plugins/

Nereden başlanmalı konusuna gelince; öncelikle fikir anlamında bir proje olmalı, yazarak ve araştırarak öğrenebilirsiniz. Örneğin; Wordpress ile ilan sitesi yapmak isteyebilirsiniz. Bunun için özel tema geliştirebilir ve yine bu projeyle alakalı özel plugin yazabilirsiniz.

Yazdığım basit işlevli bir eklenti:
https://wordpress.org/plugins/beautify-code-blocks/