Konuyu açtıktan bir süre sonra forumlarda ve bloglarda araştıra araştıra sorunu çözdüm, diğer kişilere yardımcı olması açısından anlatayım.
Arama kısmına gelip Window Manager Tweaks yazıp çıkan seçeneği tıklayın. Yukarıdaki seçeneklerden Compositor kısmına gelin. Orada Show shadows under dock windows seçeneğinin yanında tik var. Onu kaldırın sorun çözülüyor.
Not: Ben Linux u İngilizce kullanıyorum, sizin Türkçe yazmanız gerekebilir. Tam çevirilerini bilemiyorum.