Dediğiniz gibi hazır paketlerin avantajları olduğu gibi, dezavantajları da söz konusu. Ancak kredi kartı çalınmalarını güvene alabilmek için iyzico, PayTR gibi aracı kurumları kullanarak kullanıcılarınıza ait kredi kartı ve ödeme bilgilerinin güvenliğini makul biçimde çözebilirsiniz.
PHP scriptler kadar, WooCommerce konusunu da araştırmanızı öneririm. PHP Scriptlerde bazı arkadaşlar ömür boyu destek verirken, bazıları v2 çıktığında ekstra ücret ile bunu temin ediyorlar. Hal böyle olunca da sitenin güncellemeleri siteden pahalıya gelebiliyor.