Program kullanmadan komut satırına ilgili klasör içinde c: ilgilidosya ren *.doc *.docx yazarak tüm .doc uzantılı dosyaları .docx formatına çevirebilirsiniz. Muhtemelen kullandığınız programda sadece bu komutu çalıştırıyor. Fakat office dosya yapıları farklı olduğu için bu şekilde çevrildiğinde dosyalar açılmıyor.

İnternette bu işi toplu şekilde yapan site ve programlar var. Bu linki buldum ama denemedim. Programları indirip deneyebilirsiniz, sorumluluk size ait.