myisam daha yavaştır fakat tablo çökmelerinde tablo kendini kilitler repair yapıp onarabilirsiniz, innodb daha hızlıdır fakat arıza durumunda repair kısmı zordur, innodb'de tablolar daha farklı bir mantık ile çalışır ayrı bir data dosyası vardır ve tablolar bu data dosyasına entegredir bu dosya bozulursa tüm innodb tablolar kaybedilir, çeşitli onarım yöntemleri vardır innodb'nin ama myisam gibi kolay değildir baya baş ağrıtır.

Tabloları innodb'ye çevirmenize rağmen halen yavaşlık varsa sorgularında problem olma ihtimali yüksektir sorgulara yoğunlaşmanız gerekecektir.