url de index.php yazmama gibi bir durumda olabilir bence en basit yöntemi index.php sayfasında bir değişken tanımlayın if else koşulunada tanımlanan değişken boşmu dolumu mantığı ile gösterin istediğiniz kısımları.
if($CurPageName == "index.php OR $CurPageName=="/"){
Şeklinde yapılırsa önüne geçilmiş olur. Sizin dediğiniz de mantıklı
$kontrol = "kontrol";
if($kontrol){
Şeklinde de yapılabilir