Merhaba,

Plesk panelde her web sitesinin hangi PHP versiyonu ile çalışacağını kendiniz seçebilirsiniz. Birden fazla PHP versiyonu yüklü olması da oldukça normaldir.
Dashboard'a giriş yapın, Domain menüsünden ilgili domain'i seçin. DevTools başlığı altında PHP versiyon göreceksiniz. Orada sitenin hangi PHP versiyonu ile çalışmasını istiyorsanız onu seçin. İstediğiniz versiyon orada yoksa:

"Tools&Settings > Plesk başlığı altındaki Update > Add / Remove Component > PHP interpreter versions" içerisinde yer alan PHP versiyonlarınıda ekleyebilirsiniz. Outdated PHP versiyonları Plesk içerisinde yer almaz.

Elinizde eski bir site varsa ve bunun PHP 5.6'da çalıştırmanız gerekiyorsa cli üzerinden aşağıdaki adımları takip edebilirsiniz :
root# add-apt-repository ppa:ondrej/php
root# apt-get install php5.6
root# apt-get install php5.6-igbinary php5.6-mbstring php5.6-mcrypt php5.6-soap php5.6-redis php5.6-intl php5.6-mcrypt php5.6-mysqli php5.6-xml
root# apt-get install php5.6-fpm
root# apt-get install php5.6-cgi
root# update-alternatives --config php
root# /usr/local/psa/bin/php_handler --add -displayname fpm-56 -path /usr/bin/php-cgi5.6 -php.ini /etc/php/5.6/fpm/php.ini -type fpm -clipath /usr/bin/php5.6 -poold /etc/php/5.6/fpm/pool.d -service php5.6-fpm
komutlarıyla Plesk'e Outdated PHP 5.6 kurabilir, yukarıda bahsettiğim şekilde DevTools başlığı altındaki PHP versiyondan 5.6'yı seçip kullanabilirsiniz.


Not: Yanlış anlama ihtimalime karşılık ilgili web sitesi içerisine bir
<?php phpinfo(); ?>
ekleyin hangi php.ini dosyasını kullandığını vs. görebilirsiniz. o .ini dosyalarını düzenleyerekde sorununuzu çözebilirsiniz