reboot ile şansınız yaver gitmezse sistemi elinize alırsınız, bu sebeple shutdown -r kullanılmalı now bile denmemelidir. Tabii genel kanının aksine şöylede bir durum var.
Alıntı
There is no difference in them. Internally they do exactly the same thing: reboot uses the shutdown command (with the -r switch). The shutdown command used to kill all the running processes, unmount all the file systems and finally tells the kernel to issue the ACPI power command