Shuffle ile oluşturulan numaraları bir değişkene atayabilirsiniz. Sonrasında sorguyu prepare() metodu ile kullanarak daha sağlıklı bir sorgu gerçekleştirebilirsiniz.

$randomNumbers = str_shuffle('0123456789');
$query = $baglanti->prepare("UPDATE kat_siparisler SET  favori_id = ?");
$query->execute(array(
    $randomNumbers
));