Yazdıklarınızdan css bilginizin söylediğiniz gibi iyi olmadığına inanıyorum. Css dosyasını php üzerinden derlemeninde Seo ile ilgili en ufak bir ilgisi bulunmuyor.

CSS de "selector" ler vardır class,id v.b..

Yapacağınız işe örnek vermek gerekirse;

.color_default
{
	color:black;
}
.color_red
{
	color:red;
}
.color_blue
{
	color:blue;
}
.color_orange
{
	color:orange;
}
.color_yellow
{
	color:yellow;
}
.color_green
{
	color:green;
}

Düz Kullanım

<b class="color_red">Bu Kırmızı</b> <br>
<b class="color_blue">Bu Mavi</b>

PHP Kullanım

<?php

function html_color($color)
{
	$available_colors = array('default','red','blue','orange','yellow','green');
	if(in_array($color,$available_colors))
	{
		return 'color_'.$color.'';
	}
	else
	{
		return 'color_default';
	}
}
?>


<b class="<?php echo html_color('red'); ?>">Bu Kırmızı</b> <br>
<b class="<?php echo html_color('blue'); ?>">Bu Mavi</b>

Buna ek olarak söylediğiniz gibi css dosyasını panelden düzenlenebilirde yapabilirsiniz.