Deneyimlerime göre birkaç sebebini yazayım.

1 - Sitenin birden fazla etki alanından yayın yapması
2 - /index /anasayfa /main gibi sayfalardan yayın yapması ve canonical etiketinin olmayışı veya yanlış olması.
3 - Anasayfa içeriğinin zayıf olması, zayıf içerikli karşılama sayfası kullanılması.(çok düşük ihtimal)