Merhaba,
PayTR kullanan bir kaç sitede Cloudflare' de kullanıyorum bu tarz bir problemle karşılaşmadım. PayTR' yle iletişime geçerseniz onlar da size konuyla ilgili yardımcı olurlar böyle bir sorun söz konusuysa. Bazı ödeme sağlayıcılarda kullanılan IP adreslerini whiteliste ekletmek gerekiyor ama PayTR' de böyle bir şey söz konusu değil bildiğim kadarıyla.
Forumda böyle bir konu görünce PayTR kaynaklı olduğunu düşündüm. Kullandığınız özel bir firewall rule var mı PayTR için?