İl seçimi sırasında ilçeleri ajax ile seçtiğiniz varsayıyorum. Ajax success metodunda öncelikle ilçe elementin selectpicker(destroy) etmelisiniz. Sonrasında response ile dönen <option> taglarını select elementi içerisine append edip, tekrardan ilçe elementi el.selectpicker() ile tetikleyiniz.
Düzeltme:
ajax isteğinizden dönen verileri select elementine append() ettikten yada html() ile içeriği güncelledikten sonra $("#selectpickerElement").selectpicker('refresh' ); kullanırsanız sorun çözülür.