Çözümü buldum. Lazım olan veya arayanlar içinde şuraya yazayım.

Menüden css class giriyorsunuz: menu-button gibi ondan sonra customize bölümünden wordpress'in Additional css' e girip
.menu-button {
background-color:#eb5e28;
border:1px;
border-radius:3px;
-webkit-box-shadow:1px 1px 0px 0px #2f2f2f;
-moz-box-shadow:1px 1px 0px 0px #2f2f2f;
box-shadow:1px 1px 0px 0px #2f2f2f;
}
.menu-button a, .menu-button a:hover, .menu-button a:active {
color:#fff !important;
}

Bunu ekliyorsunuz ve sorun çözülüyor. Buradaki kod buton şekline getiriyor. İsteyen background color olarak girebilir.