Aslıdanda birkaç yolu var. Sırayla deneyin derim.
1-) Php tarafından gelen değişkeninizin number olarak değilde string olarak çevirin. Ondan sonra yazın excel dosyasına. Bkz: strval()
2-) $objPHPExcel->getActiveSheet()->setCellValueExplicit('A1', '0029', PHPExcel_Cell_DataType::TYPE_STRING);