İşlemi fonksiyon içine al dosya eğer
Bi klasör ise fonksiyona tekrar göndererek döngüye girsin. Mobilden yazıyorum yazım hataları için kusura bakmayın.
function autoloader($dir=""){

// Klasörler
$klasor_dir = is_dir($dir) ? $dir : __DIR__ . DIRECTORY_SEPARATOR . $mainfolder . DIRECTORY_SEPARATOR;
$klasorler = glob("$klasor_dir*", GLOB_ONLYDIR);

foreach ($klasorler as $klasor) {
$folder = basename($klasor);

print_r("
<div class='folder'>
<a class='fol' href=''>
<img class='thumbnail' src='assets/img/folder.png' itemprop='thumbnail' style='float:left;'>
<div>$folder</div>
</a>
</div>
");
if(is_dir($klasor_dir."/".$folder){
autoloader($klasor_dir."/".$folder);
}
}
}