Kimyadan, fizikten herşeyden bağımsız olarak öncelikle python'un kendisini öğrenmelisin. Yazılı olarak en iyi Türkçe kaynak şudur:
https://python-istihza.yazbel.com

Onun haricinde youtube videoları.

Sonrasında ise şuradaki kimya kütüphanelerini öğrenmelisin:
https://github.com/lmmentel/awesome-python-chemistry