Yapmaya çalıştığınız şey yasal olarak sorun yaratabilir gibi duruyor. Bildiğim kadarıyla kullanıcıdan ÜCRET + KDV dahil olarak ödeme aldıysanız ÜCRET + KDV şeklinde fatura kesmeniz şart. PAYTR'den size yatırılan tutar kadar değil.

Müşterinin kartından çekilen tutarı fatura kesmelisiniz. Şuan test için fark oluşuyor olabilir, production'a geçtiğinizde hesabı düzeltirsiniz. Sanırım ben sorunu tam anlayamadım ama olması gereken çekilen tutarın fatura kesilmesi.

Bazı kredi kartı firmaları küsürat için virgül ya da nokta kullanabiliyor. Eğer sisteminizde nokta, paytr'de virgülse ceil yerine str_replace kullanarak kendi noktanızı virgül yapabilirsiniz sanırım.