Search Console mülklerini ayrı hesaplarda bulundurmanız tamamen sizin isteğinize bağlı bir durumdur. Herhangi bir sorun teşkil etmez. En fazla 1.000 adet site eklenebileceği buradaki resmi yardım sayfasında belirtilmiş.

Bende 20 adet web sitesi mülkü mevcut. Farklı hesaplara bölmeyi hiç düşünmedim.