1- Site üzerinden en son değişiklik yapılan klasörlerlere bakın.
2- Ssh ile uzaktan tüm kullanıcıları kontrol edin ve şifrenizi değiştirin.
3- /etc/passwd/ dan bakabilirsiniz uzaktan bağlanan birisi var mı ?
4- Sunucunuz güncel mi 2012 server değildir umarım.
5- Sitelerinize gelen tüm güncellemeleri yapın, eski eklentileri kaldırın.
6- Servere gelen tüm güncellemeleri yapın. (Update- Upgrade)
Anlamadığınızı pm yolu ile sorabilirsiniz.