Misafir adlı üyeden alıntı: mesajı görüntüle 
document.querySelector('.sub-menu').classList.toggle('sub-menu')
şeklinde classlistte o öğenin tam tersi konuma gelmesini sağlayabilirsiniz

class ekleme
document.querySelector('.sub-menu').classList.add('sub-menu')
class silme
document.querySelector('.sub-menu').classList.remove('sub-menu')
css tanımlamanız daha profesyonel olacaktır.
Anladım hocam. Kodun son hali şöyle, istediğimi yaptım sadece üstteki mesajımda yazdığım sorun kaldı. 1. menu item'den sonrasında çalışmadı. Sayfada 1'den fazla .menu-item-has-children olması durumunda ne yapmak lazım. Sadece kendi altındaki .sub-menu'de çalışmalı.
var submenu = document.querySelector('.menu-item-has-children');
var addsubmenu = document.querySelector('.sub-menu');
var addsubmenuClass = 'active';

submenu.addEventListener( 'click', function() {
    addsubmenu.classList.toggle(addsubmenuClass);
}, false);
1'den fazla alt menüsü olan item var.