0'ı yazmaya kalksa bile siliyor. Basit bir çok engelleme ve basitleştirme yolu var bunları tercih edebilirsin.

<input type="text" id="phone" oninput="change()">

<script>

    function change() {
        var e = (document.getElementById("phone").value)
        if (e.startsWith("0")) {

            (document.getElementById("phone").value) = e.substring(1)
        }
    }


</script>