Aşağıdaki şekilde güncelleyiniz:
<?php if ( !wp_is_mobile() ): ?>
<script type="text/javascript" src="site.com/pop.js"></script>
<?php endif; ?>
bu cevap js dosyasını temadan çağırıyorsanız işinizi görecektir fakat önerim temaya gömmek yerine
wp_enqueue_script ile kullanmanız.