Hocam bende de aynı sorun başıma 3-4 kere gelmişti. Sorun muhtemelen yazılımsal değil ve hosting firmasının da bir suçu yok. Çünkü aynı sorunu farklı farklı firmalarda ve farklı farklı yazılımlarda başıma geldi. Kısa bir önbilgiden sonra sorunun tahminine ve çözümüne geleyim. Sorun kendi tecrübeme göre 3 nedenden oluşuyor olabilir.

1-) Dosya kontrol panelinden manuel olarak yanlışlıkla eksik izin verme.
-İlk yorumda sorduğum soruya verdiğiniz cevaptan istinaden bunu geçiyorum.

2-) Dosyaların FTP ile yanlış şekilde gönderilmesi.
-Bence sorun bundan kaynaklanıyor. Eğer elinizde kaynak dosyalar varsa ve veritabanı bilgilerini biliyorsanız, sitenin yedeğini alıp FTP programı kullanmadan kontrol paneliniz üzerinden tekrardan kurulum yapmanızı tavsiye ederim. Ancak bu işlem için yeterli bilgiye sahip olduğunuza emin olmalısınız. (Veritabanı bağlama gibi)

3-) Hostingde bulunan eklentiler yüzünden veya PHP sürümü yüzünden.
-Mantıksız gibi gelecek ama PHP sürümünün de bu işe etki ettiğini gördüm. Yazılım firmanızdan siteniz için olması gereken PHP sürümünü öğrenin ve panelde o sürüme geçiş yapın. (Her ihtimale karşın elinizde yedek olduğuna emin olun.) Hosting sizin ise (Vps, vds vb.) gereksiz eklentileri kaldırın ve ekentilerin doğru kurulduğundan emin olun. Değilse (paylaşımlı hosting veya reseller kullanıyrosanız) zaten muhtemelen sorun eklentilerden veya hosting firmasından kaynaklanmıyordur.

Tekrardan vurgulamak istiyorum, bu tarz işlemlerde veri kaybının önüne geçmek için mutlaka elinizde bir tam yedek olsun. (Dosyalar, eklentiler, mail hesapları vb.) Ve ne yaptığınıza emin olmadığınız hiçbir işlemi yapmayın.

Umarım sorunu en kısa sürede çözersiniz.