Php.net manual sayfasında yeni pencere ile alakalı bilgi yok. O yüzden olmayacağını düşünüyorum. Header ile açılacak şart gerçekleştiğinde kontrolünü yapıp javascript ile yapabilirsiniz.

<?php if(condition_to_check_for){ ?>

</script type="text/javascript">

window.open('url_goes_here', '_blank');

</script>

<? } ?>